I Ciclidi sono diffusi in quasi tutto il continente africano tranne che nell'estremità meridionale, troppo fredda, e nelle aree desertiche, anche se alcune specie vivono nelle oasi del Sahara. Occupano un' enorme varietà di habitat ed alcune specie sono bizzarre a confronto di quelle della Rift Valley, come Lamprologus lethops che è cieco, senza pigmento e con la vescica natatoria ridotta. Apparantemente vive in tane scavate sotto grosse pietre sul fondo delle rapide. La maggior parte delle specie dell'Africa Occidentale proviene da fiumi, ruscelli e stagni della foresta pluviale costiera del bacino del Congo. Questi sistemi fluviali ospitano anche un gruppo di specie che ha sviluppato particolari caratteristiche che permettono la vita nelle rapide, chiamati appunto Ciclidi delle rapide.
Le specie che abitano i corsi d'acqua delle foreste vivono in acqua bassa e trovano rifugio tra la vegetazione fitta, le radici ed i rami degli alberi o nelle insenature delle rive sabbiose.
I Ciclidi che vivono nelle rapide si limitano alle zone più calme dove restano sul fondo senza essere trascinati dalla corrente grazie alla loro vescica natatoria ridotta. Le foreste pluviali dell'Africa Occidentale sono costituite da una fascia costiera larga qualche centinaio di chilometri attraversata da corsi d'acqua che scendono dagli altipiani immediatamente ad est, con un tragitto piuttosto breve. L'acqua è tenera, ma non particolarmente acida (pH 6,5 - 7,5) perché manca il contatto prolungato con la vegetazione in decomposizione, come invece accade per il Rio Negro in Sud America. La temperatura oscilla tra i 25°C ed i 26°C, salendo a 28°C nelle zone non riparate. L'acqua è leggermente colorata da materiale organico, ma solitamente trasparente.
Le inondazioni stagionali sono esigue sia come entità che come durata ed i pesci rimangono nei loro habitat senza spostarsi nelle aree inondate per la riproduzione. Le specie della foresta tendono a condurre un'esistenza solitària fuori dal periodo della riproduzione.
Il sistema fluviale del Congo è molto più esteso, ma l'acqua è ugualmente vicina a valori neutri e non si hanno inondazioni di lunga durata. Molti dei sistemi fluviali ospitano specie endemiche contemporaneamente ad altre di più ampia diffusione.
Anche in questa parte dell'Africa esistono dei laghi, seppur più piccoli di quelli dellla Rift Valley, caratterizzati da un alto grado di endemismo. Nel Camerun il lago Barombi Mbo occupa il cratere di un vulcano estinto e ha una fauna completamente endemica. Il lago Fwa ospita generi endemici che presto saranno diffusi anche negli acquari.
A nord-est della foresta pluviale si estende una vasta zona di savane che confina a settentrione con il Sahara e si estende attraverso il continente fino al bacino del Nilo. Questa è la zona d'origine di alcuni Hemichromis ed haplochromini, ma soprattutto delle Tilapia. Questo genere indistruttibile è diffuso fin lungo il Nilo grazie alla capacità di adattarsi a valori chimico-fisici del'acqua e temperature molto diversi.
Specie simili abitano il sud-est del bacino del Congo dove la foresta pluviale lascia il posto a pianure e colline. Le condizioni sono meno ostili che nelle savane a nord e gli haplochromini abbondano tra i Ciclidi presenti.
Generalmente tutte le acque che scorrono fuori dalle foreste pluviali sono
